A legtöbb disztribúcióban, valamint az UHU-Linux 1.0-ban az X Window ablakozó rendszer fájljai az /usr/X11R6 könyvtár alatt találhatók, például a futtatható programok /usr/X11R6/bin alatt, függvénytárak /usr/X11R6/lib alatt, fejléc fájlok /usr/X11R6/include alatt, kézikönyv-oldalak /usr/X11R6/man alatt, betűkészletek /usr/X11R6/lib/X11/fonts alatt stb.
A fentiekkel sok-sok probléma adódik. Egyáltalán nem egyértelmű, hogy például egy grafikus alkalmazást /usr/bin vagy /usr/X11R6/bin alá kell-e elhelyezni. Az UHU-Linux 1.0-ban már nagyjából tartottuk magunkat ahhoz, hogy /usr/X11R6 alá csak maga az XFree86 rendszer és egy-két hozzá nagyon közeli komponens pakol, az alkalmazások (még a grafikusak is) /usr/bin alá helyezik el magukat. Ez addig még nem is gond, amíg egyszerű programról van szó, viszont például a wish (tcl/tk interpreter) esetén már sok gondot okozott, hiszen egy tcl szkript elején már nem mindegy, hogy "#!/usr/bin/wish" vagy "#!/usr/X11R6/bin/wish" szerepel -- az egyik az egyik disztribúcióban működik csak, a másik meg csak a másikban.
Bizonyos programok fordítása esetén még abból is probléma származhat, ha például /usr/lib és /usr/X11R6/lib alatt is megtalálható ugyanazon függvénytár két különböző verziója (volt már példa ilyenre egy Linux disztribúcióban, az egyik önálló csomagként szerepelt, a másik az XFree86 rendszer részeként).
Bonyolítja a helyzetet, hogy a /usr/X11R6 könyvtár nincsen bent bizonyos programok (ld.so, gcc, pkgconfig stb.) alap keresési útvonalában.
Az UHU által választott megoldás az alábbi: maga az XFree86 is közvetlen /usr alá pakol, tehát a binárisok /usr/bin, a könyvtárak /usr/lib, a fejlécek /usr/include alatt találhatók. Ennek megfelelően a korábbi /usr/X11R6/lib/X11 most /usr/lib/X11 alatt szerepel. A /usr/X11R6 bejegyzés egy szimbolikus link a "."-ra, néhány más szimbolikus linkkel együtt ez garantálja, hogy a hagyományos útvonalnevek is mindenütt működnek. Így például /usr/bin/wish és /usr/X11R6/bin/wish ugyanazt a fájl jelentik, bármelyiket meg lehet adni interpreternek.
Az új rendszernek megfelelően a PATH változó értékében nem szerepel a /usr/X11R6/bin útvonal.
Az átállás során a kézikönyv oldalak a /usr/share/man, a betűkészletek pedig a /usr/share/fonts könyvtárba költöztek.